Alternance : Analyse de la réponse des agrumes à phytophthora citrophthora pour l'identification de mécanismes de résistance (H/F)

Entreprise :

Les agrumes représentent la culture d’arbres fruitiers la plus importante au monde. En Corse, c’est la deuxième production agricole en valeur économique. Cependant, l’agrumiculture doit faire face à de nombreux stress environnementaux, dont l’infection par l’oomycète phytopathogène Phytophthora citrophthora, responsable de pertes de rendements allant jusqu’à 30 %.

Dans un contexte de réduction de l’utilisation des intrants chimiques, l’amélioration génétique et le développement de nouvelles variétés revêtent une importance particulière. Pour lutter contre les infections à Phytophthora et développer de nouvelles variétés résistantes ou tolérantes, il est nécessaire de mieux comprendre les impacts du pathogène sur la physiologie des plantes. Il est également essentiel d’identifier les déterminismes biochimiques et génétiques de la résistance ou de la tolérance chez les agrumes.

Dans le cadre du projet ANR PIA UNITI et d’une thèse de doctorat menée en collaboration entre INRAE et l’Université de Corse, nous étudions une core-collection de 250 accessions représentatives de la diversité des agrumes. L’objectif est d’analyser leur réponse à l’infection par P. citrophthora afin d’identifier des accessions porteuses de gènes de résistance et/ou de tolérance, ainsi que des mécanismes de défense associés. L’inoculation du pathogène, suivie du phénotypage quantitatif des symptômes et des marqueurs biochimiques, ainsi que le génotypage de la core-collection, serviront ultérieurement de base à une étude de génétique d’association de type Genome-Wide Association Study (GWAS).

Missions :

C’est dans ce contexte que s’inscrit le présent stage, qui se concentrera sur un sous-ensemble de 20 accessions de la core-collection. Ses principales missions seront donc les suivantes :

• Inoculation de P. citrophthora sur rameaux d’agrumes, puis phénotypage des symptômes d’infection.
• Analyse statistique des données de phénotypage (utilisation de R).
• Synthèse bibliographique sur les marqueurs biochimiques associés à la défense des agrumes contre P. citrophthora, ou, à défaut, contre d’autres espèces de Phytophthora dans les agrumes ou d’autres plantes, afin d’orienter le choix des marqueurs à quantifier et d’interpréter par la suite les résultats expérimentaux.
• Quantification des marqueurs enzymatiques sélectionnés.
• Contribution à l’analyse de données de génotypage (Whole Genome Sequencing, WGS) dans un cluster de calcul.

Stage de 6 mois.

Ce stage permettra à l’étudiant.e d’acquérir des compétences en microbiologie, phénotypage, enzymologie, analyses statistiques et analyse de données bio-informatiques.